Fudbalski klub Napredak osnovan je u Kruševcu 8. decembra 1946. godine spajanjem tri postojeća lokalna kluba – 14. Oktobra, Badže i Zakića.
Prvu zvaničnu utakmicu klub je odigrao u januaru 1947. godine protiv ekipe Makedonije. Rezultat je glasio 1:1, a prvi gol u klupskoj istoriji postigao je Marko Valok, kasnije igrač beogradskog Partizana;
1949. ekipa Napretka postaje šampion Srbije i obezbeđuje učešće u Prvoj saveznoj ligi.
Na kraju premijerne sezone u Prvoj saveznoj ligi klub završava na poslednjem mestu i seli se u tadašnju IV zonu. Od sezone 1958/59 Napredak se takmiči u Drugoj saveznoj ligi.
30. maja 1976. Napredak ponovo obezbeđuje plasman u elitni rang, zahvaljujući pobedi nad Radom od 8:2. Tada je 4 gola za Napredak postigao kasnije trener Napretka Jovica Škoro, 3 je postigao Jakovljević i jedan Ćuslović. Te sezone za Napredak su igrali Vladimir Milosavljević, Zoran Simović, Jovan Đorđević, Mlađa Radovanović, Petar Tripković, Dragan Tomić, Kosta Radovanović, Milo Nikinović, Dragiša Ilić, Milorad Jovanović, Jovica Škoro, Pavle Jevtić, Dragiša Šuslović, Dušan Pešić, Milomir Jakovljević, Bratislav Milićević, Predrag Bubanja, Dragan Čarapić i Nebojša Karamarković. Trener je bio Dragan Bojović. Ekipu su za narednu sezonu pojačali Dušan Ćosić, Dragoljub Kostić, Zoran Vuletić i Milenko Rajković. U Prvoj ligi ekipu je vodio Vladica Popović, ali se Napredak već posle jedne sezone vratio u niži rang.
Napredak se munjevito vraća u Prvu ligu naredne sezone i u sezoni 1978/79 u njoj obezbeđuje opstanak zahvaljujući nerešenim rezultatom u poslednjem kolu u Tuzli, Sloboda -Napredak 0:0.
Te sezone Napredak je u Beogradu na stadionu JNA savladao ekipu Partizana 3:0. U tom meču igrali su Simović, Momirović, Pešterac (Vuletić), Hristovski, Babić, Karamarković, Jakovljević, Jovanović (Pešić), Tomić, Komljenović i Tripković.
U sezoni 1979/80 klub postiže najveći uspeh u svojoj istoriji pod palicom trenera Tome Kaloperovića – plasman u Kup UEFA. U prvoj rundi protivnik je bila ekipa Dinama iz Drezdena, ispostaviće se nepremostiva prepreka za našu ekipu. Oba meča dobili su Nemci rezultatom 1:0 i Napredak je završio takmičenje u Evropi. Utakmice protiv Dinama igrali su: Dragan Erić, Pešterac, Jašarević, Karamarković, Juričko, Tupajić, Jovanović, Kostić i Panić, a šef stručnog štaba je bio Mihić Milenko.
Napredak je tokom devedestih bio na granici između Prve i Druge lige;
U sezoni 1999/2000 zabeležen je najveći uspeh na domaćoj sceni – plasman u finale Kupa Jugoslavije. Do finala su redom padali Sloga Kraljevo, Župa, Rad, Mogren, Železnik i Zemun, a u finalnom duelu u Beogradu, Crvena zvezda je savladala Napredak sa 4:0.
Finale su igrali: Krnjinac, Atanasković, Antić, Krstić, Mijatović, Zajić, Vidojević, Dragnjević, Stefanović, Kojičić i Filipović.
Plasmanom u finale kupa Napredak je obezbedio igranje u Kupu UEFA 2000. godine. U predkolu savladan je Tulevik iz Estonije (5:1 u Kruševcu, 1:1 u gostima), da bi u prvom kolu usledila eliminacije od ekipe OFI – ja sa Krita (0:0 kod kuće, 0:6 u gostima);
Od 2007. godine Napredak igra u Superligi Srbije do 2010. a od 2010. godine nastupa u Prvoj ligi Srbije.
Od početka 2012. godine rukovođenje klubom preuzima Marko Mišković, uspešni privrednik, sa svojim timom saradnika. U sezonama 2012/13 i 2013/14 Napredak je superligaš, a u prvenstvu 2015/16 igra u Prvoj ligi Srbije i ekspresno se, posle godinu dana vraća među superligaše, gde se i danas takmiči.
Na Izbornoj skupštini, održanoj 30. septembra 2020. za predsednika Upravnog odbora imenovan je Miloš Nenezić, dugogodišnji sportski radnik i menadžer, ugledni privrednik, generalni direktor Korporacije Trajal i predsednik Unije poslodavaca Srbije.
